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Las incursiones aparecen cuando un jefe Pokémon conquista un Gimnasio. Tu objetivo es derrotar a este poderoso Pokémon. Si tus compañeros y tú Entrenadores tienen éxito, serás recompensado con objetos especiales y la oportunidad de capturar a ese Pokémon. No podrás hacerlo sin ayuda; necesitarás a otros Entrenadores para llevar a cabo la incursión en el Gimnasio y (con suerte) alzarte con la victoria.
Las incursiones no son un Combate de Gimnasio normal, tu rival será mucho más difícil de derrotar que otros Pokémon. Las incursiones tienen varios niveles de dificultad que van del 1 al 5, y por encima estarían las megaincursiones y las megaincursiones legendarias. Cuanto mayor sea la dificultad, más fuerte será el jefe Pokémon y más jugadores necesitarás para vencer.
Las megaincursiones son incursiones más difíciles con jefes de incursión megaevolucionados. Al derrotar al jefe de una megaincursión, ganarás Megaenergía, un recurso necesario para megaevolucionar Pokémon.
Las incursiones EX son incursiones especiales en las que tendrás la oportunidad de capturar a algunos de los Pokémon más buscados. A diferencia de otras incursiones, debes ser invitado a asistir a una Incursión EX en un Gimnasio específico a una hora específica. Si eres seleccionado para participar en una incursión EX, recibirás una invitación por adelantado para que puedas coordinar y crear una estrategia para tener la oportunidad de derrotar al poderoso jefe de la incursión EX.
Los jefes de incursiones se aparecen de acuerdo a la temporada o en eventos especiales estos pueden ir variado.